Desde su fundación, el Hospital Infantil de México Federico Gómez adquirió el compromiso de formar y capacitar a todos aquellos profesionistas interesados en el cuidado de los niños. Al abrir sus puertas, ingresó al hospital un grupo de médicos internos decididos a prepararse como pediatras; en un principio el curso tuvo una duración de 18 meses, sin embargo, profesores y alumnos consideraron que el tiempo era insuficiente por lo que se aumentó a dos años; de esta manera se estableció el primer programa formal de pediatría en el país el cual se incorporó a la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1951 como curso de graduados.

Actualmente, el hospital es sede de dos cursos de especialidad de entrada directa que son Pediatría y Genética Médica, así como de 21 cursos de especialidades en diversas áreas de la pediatría cuyos programas se apegan al Plan Único de Especialidades Médicas de la Facultad de Medicina de la UNAM. Se imparten además, diversos Cursos de Alta Especialidad y varios diplomados que están avalados por la misma institución.

Durante su formación los residentes participan en las actividades académicas como son la evaluación interdisciplinaria de pacientes hospitalizados, revisión supervisada de pacientes ambulatorios, sesiones inter-departamentales, bibliográficas, de revisión de temas, así como en las actividades reglamentarias del Hospital que incluyen sesiones clínico-patológica y clínica, seminarios de investigación, de medicina basada en evidencias y otras conferencias médicas y culturales que favorecen la formación integral de los residentes de pediatría.

El HIMFG tiene una larga trayectoria en la formación de personal de salud especializado en pediatría y su historia está íntimamente ligada a la de la Pediatría Mexicana y Latinoamericana. Su fundador fue el maestro Federico Gómez Santos quien también se interesó por la formación de enfermeras ya que desde su fundación, el hospital ha sido sede del Curso de Especialización en Enfermería Pediátrica cuyo programa está avalado por la Escuela Nacional de Enfermería y Obstetricia de la UNAM.

Avalados por la División de Estudios de Posgrado e Investigación de la Facultad de Odontología de la UNAM, se imparten los cursos de especialidad en Ortodoncia y en Estomatología Pediátrica.

La Escuela Superior de Terapia Física del Hospital Infantil de México Federico Gómez se fundó el mismo año en que se inauguró el Hospital, desde 1994 está incorporada a la Secretaría de Educación Pública y en ella se forman Licenciados en Terapia Física y Rehabilitación.

La vida académica del hospital se enriquece con la presencia de estudiantes de medicina, de enfermería, de psicología y de otras disciplinas relacionadas con la salud de los niños y adolescentes que acuden a los diferentes servicios para cumplir con los campos clínicos necesarios para su formación o para realizar su servicio social.

El hospital cuenta con un programa de Educación Médica Continua en el que participan la mayoría de los docentes quienes organizan periódicamente cursos monográficos en los que además participan profesores de prestigio internacional. Estos cursos están dirigidos a profesionales de la salud, a los mismos pacientes, a profesores y a padres de familia, sus contenidos favorecen el desarrollo profesional de los asistentes.

El Boletín Médico del Hospital Infantil de México se ha publicado ininterrumpidamente desde 1944 y ha sido la revista pediátrica más consultada en México y América Latina. El primer número de 2008 tendrá una nueva presentación y diseño. El Hospital, a través del Departamento de Ediciones Médicas, ha patrocinado la publicación de numerosos libros de pediatría y algunas especialidades pediátricas que han contribuido a la difusión del conocimiento.

La Hemerobiblioteca está abierta los 365 días del año. Se reciben 165 títulos de revistas médicas internacionales y 40 nacionales. Se cuenta con la suscripción a la biblioteca virtual ProQuest Medical Library en la que se pueden consultar 275 publicaciones a texto completo. Cada año se atiende aproximadamente a 55,000 usuarios y el número de obras consultadas es superior a 100,000; las consultas a bancos de información en disco compacto y por INTERNET es mayor a 20,000 por año. A través de las computadoras de la biblioteca, los alumnos inscritos a la UNAM tienen acceso a las bases de datos que ofrece esa institución mediante claves personales.

El Centro Mexicano de Educación en Salud por Televisión (CEMESATEL) inició sus transmisiones en septiembre de 1985, desde entonces ha transmitido programas dirigidos a actualizar al personal de salud. A partir de 2007, migró del sistema de transmisión analógico a digital, obtuvo una frecuencia propia, y con el apoyo de la SCT y TELECOMM de México envió su señal a través del satélite Satmex 5. En 2008, en colaboración con la DGTVE de la SEP y de la SCT, el CEMESATEL inició transmisiones bajo la denominación de El Canal de la Salud; su programación se transmite a toda la República mediante el canal 27 de la Red Edusat vía satélite; también se puede ver por videoconferencia y en este sitio web.