La Subdirección de Programación y Diseño Organizacional tiene la responsabilidad de presentar la información de las actividades que se llevan a cabo en el Instituto, ante los órganos fiscalizadores e instancias gubernamentales correspondientes, así como generar informes que permitan la oportuna toma de decisiones y el cumplimiento de las metas y objetivos plasmados en el Plan de Trabajo del Director General.

Asimismo, implementa y da seguimiento a diversos programas gubernamentales, genera información estadística, efectúa mejoras en tecnologías de información y proporciona en coordinación con las diversas áreas- guías del actuar y hacer en cada área y servicio.

La principal meta de la subdirección es apoyar a las diversas áreas para obtener:

Excelencia en la atención médica de niños y adolescentes

Innovación en la investigación básica y clínica, y

Liderazgo en la formación de profesionales en atención pediátrica